食品在存放過(guò)程中會(huì )發(fā)生一系列的物理化學(xué)變化，不適宜的存放條件可能使食物被微生物、外來(lái)化學(xué)物質(zhì)污染或者發(fā)生自身化學(xué)反應，影響食物的風(fēng)味甚至危害人體健康。例如真菌在食物的生產(chǎn)過(guò)程中(比如啤酒釀造、奶酪生產(chǎn))起著(zhù)積極作用，但是在食物的存放過(guò)程中也會(huì )對食物產(chǎn)生消極影響，特別是在溫暖潮濕的環(huán)境下會(huì )快速繁殖產(chǎn)生生物毒素。因此其早期的快速實(shí)時(shí)檢測發(fā)現就尤為重要。利用離子遷移譜來(lái)檢測芝士表面菌群生長(cháng)前后的揮發(fā)性成分來(lái)判斷是否被污染。在真菌生長(cháng)前IMS檢測到保留時(shí)間0.8、4.0.8.3min處有明顯信號峰，真菌生長(cháng)后則4.0、8.3min處的信號峰消失，0.8min處的信號峰強度顯著(zhù)降低，而在1.0、13.5、20.5min處出現新的真菌代謝產(chǎn)物信號峰，推測是由于真菌生長(cháng)導致芝士原本揮發(fā)性成分的稀釋。結果表明離子遷移譜可用于控制有益菌的生長(cháng)，檢測有害菌的代謝產(chǎn)物。肉類(lèi)在存放過(guò)程中同樣會(huì )被細菌降解形成一些具有致癌作用的生物胺。

用離子遷移譜直接檢測雞肉汁中的三甲胺，方法檢測限為 (0.6+0.2) ng，結果顯示，存放天數不同、損壞程度不同的肉汁能被儀器快速區分出來(lái)。常用的2，4，6-TCA檢測方法是先收集樣品，再用離子遷移譜檢測，檢測限通常在1-100ng/L，食物中的多不飽和脂肪酸(PUFAs)，比如二十碳五烯酸(EPA)和二十二碳六烯酸(DHA) ，對人類(lèi)健康有益。但其化學(xué)性質(zhì)很不穩定容易受氧氣、溫度、光照和一些離子 (Cu、Fe等)的影響發(fā)生氧化反應而出現不良氣味目影響食物口感。用頂空自動(dòng)進(jìn)樣、離子遷移譜聯(lián)用的方法，對四種口味的牛奶和一種亞麻籽油中的脂肪酸氧化狀況進(jìn)行實(shí)時(shí)檢測。毛細管柱連接在自動(dòng)進(jìn)樣器和離子遷移譜中間，起到初步分離揮發(fā)性物質(zhì)的作用。結果顯示，裝置能快速有效地檢測到己醛、丁酮、丙酮、二甲基硫醚等主要的脂肪酸降解產(chǎn)物，檢測限在0.3-3.0g/L之間。進(jìn)一步分析檢測不同溫度、氧氣和光照條件下各樣品存放36d內的變化，發(fā)現光對牛奶中脂質(zhì)的氧化作用影響最大，而溫度則對亞麻油中脂質(zhì)的影響最大。